Legendo o kefirju ovija tančica skrivnosti, saj do danes ni raziskano, kako so nastala kefirjeva zrna. Prizadevanja številnih znanstvenikov, da bi umetno izdelali kefirjeva zrna z enakimi zdravilnimi lastnostmi, kot jih imajo naravna, so bila vse do danes neuspešna.

Med ljudstvi, ki živijo v kavkaških gorah, kroži legenda, da je kefirjeva zrna prinesel prerok Mohamed, zato jih pogosto imenujemo tudi prerokova zrna. Mohamed naj bi jih tudi naučil, kako iz kefirjevih zrn delati tradicionalni kefir.